Le 13 mai 2003, le Conseil de sécurité de l’ONU adopte la résolution 1479 qui rappelle « son soutien aux efforts déployés par la CEDEAO et la France » et décide la création d’une Mission des Nations unies en Côte d’Ivoire, la MINUCI. Toujours déployée en appui de la MINUCI, la force Licorne opère à partir du 1er juin 2003 dans la « zone de confiance », créée le même jour et qui tend à remplacer la ligne de cessez le feu. Elle appuie la mission de l’ONU dans la mise en place du programme DDR (Désarmement, Démobilisation et Réinsertion). La résolution 1528, adoptée le 27 février 2004 décide la création d’une force de casques bleus, l’ONUCI. Cette résolution autorise « les forces françaises à user de tous les moyens nécessaires pour soutenir l’ONUCI et en particulier à contribuer à la sécurité générale de la zone d’activité des forces internationales, aider à protéger les civils dans les zones de déploiement de leurs unités. » Alors que le mandat de Licorne évolue à mesure des décisions de la communauté internationale, la situation politique et sécuritaire dans le pays se dégrade après l’été 2004. La force Licorne évacue alors plus de 8 000 ressortissants. 

Au premier semestre 2009, Licorne se désengage de la base de Bouaké et réduit ses effectifs de moitié afin d’atteindre le format de 900 hommes. Licorne reste en soutien de l’ONUCI. En décembre 2009, les deux candidats présents au second tour, messieurs Ouattara et Gbagbo prêtent serment chacun de leur côté, se considérant chacun comme étant élus. Cette situation débouche sur une nouvelle phase de crise. Le pays plonge à nouveau dans la violence. la France renforce le dispositif Licorne avec 1 600 hommes. Le 30 mars 2011, la résolution 1975 autorise l’ONUCI et Licorne à agir pour protéger les populations, notamment en détruisant les armes lourdes des forces favorables à l’ancien président, Laurent Gbagbo. Celui-ci est arrêté le 11 avril par les forces ivoiriennes. Au total, durant la phase de crise du 31 mars au 16 avril, plus de 5 000 Ivoiriens et ressortissants français et européens ont été accueillis au camp de Port-Bouët. Environ 3 000 d’entre eux ont été évacués par des moyens aériens militaires vers des pays de la région.